U sklopu Društva djeluju i tri posebne sekcije:

Etnomuzikološka sekcija, Pedagoška sekcija i Studentska sekcija

Etnomuzikološka sekcija

Etnomuzikološka sekcija osnovana je 1992. Njezin predsjednik bio je od osnutka dr. Svanibor Pettan. Osnovni zadaci u okviru rada sekcije su: povezivanje članova, stimuliranje etnomuzikoloških aktivnosti, unapređivanje stručne osposobljenosti i poticanje sudjelovanja na kongresima. Sekcija više nije aktivna.

Pedagoška sekcija

Pedagoška sekcija u okviru HMD-a osnovana je i započela djelovanje 2009.
Utemeljena je zbog razvidnih potreba objedinjavanja muzikologa pedagoga i njihove povezanosti zajedničkim interesima, a na poticaj predsjednice HMD-a prof. dr. sci. Vjere Katalinić u okviru zaključaka s Godišnje skupštine HMD-a 2008. godine.
Osnivačka skupština održana je 19. veljače 2009.

Jedan od najvažnijih zadataka Pedagoške sekcije je poticanje stručnog usavršavanja i profesionalnog razvoja muzikologa pedagoga. Inicijativom Pedagoške sekcije osnovano je u okviru sustava glazbenog školstva Agencije za odgoj i obrazovanje zasebno Stručno vijeće nastavnika muzikoloških predmeta glazbenih škola Grada Zagreba i svih županija RH, čime se ostvario identitet profila pedagoga muzikološke struke do tada integriran sa svim teorijskim glazbenim predmetima. Time su se ukazale nove mogućnosti suradnje, budući da odvajanje nije inicirano s razlogom izolacije, nego upravo suprotno, zbog ostvarenja međusobne korelacije s drugim predmetima, odjelima i institucijama te s ciljem međusobne razmjene znanja i iskustava, ali s prepoznatljive pozicije muzikološke struke. Temeljem suradnje Pedagoške sekcije i Stručnog vijeća nastavnika muzikoloških predmeta legalizirani su i verificirani pri AZZO-u brojni dodatni sadržaji pogodni za stručno usavršavanje i profesionalnog razvoj muzikologa pedagoga: znanstvene i stručne manifestacije organizaciji HMD-a tako i drugih institucija (MA, HAZU i dr.).

TonkovicMuzikolozi

Pedagoška sekcija HMD-a angažirana je i na planu zastupanja, afirmacije i ostvarivanja prava muzikologa pedagoga u školskom sustavu RH na području glazbenih predmeta, a temeljem kompetencija stečenih završenim studijem na Odsjeku za muzikologiju MA. Sekcija sudjeluje u radu HMD-a, a napose se aktivno bavi pedagoškom problematikom u okviru nastave muzikoloških predmeta.

Koordinatorica Pedagoške sekcije HMD-a:
Željka Tonković, prof. mentorica

Studentska sekcija