Etnomuzikološka sekcija osnovana je 1992. Njezin predsjednik bio je od osnutka dr. Svanibor Pettan.

Osnovni zadaci u okviru rada sekcije su: povezivanje članova, stimuliranje etnomuzikoloških aktivnosti, unapređivanje stručne osposobljenosti i poticanje sudjelovanja na kongresima.

Sekcija više nije aktivna.

Pedagoška sekcija HMD-a osnovana je 2009. na poticaj predsjednice Društva prof. dr. sc. Vjere Katalinić. Prva koordinatorica Pedagoške sekcije bila je prof. Željka Tonković (do 2026.).
Zadaci Pedagoške sekcije su:
– povezivanje muzikologa pedagoga
– poticanje stručnog usavršavanja i profesionalnog razvoja muzikologa pedagoga
– zastupanje, afirmacija i ostvarivanje prava muzikologa pedagoga u školskom sustavu Republike Hrvatske u području glazbenih predmeta, a temeljem kompetencija stečenih završenim studijem na Odsjeku za muzikologiju Muzičke akademije

Koordinator Pedagoške sekcije:
Katarina Duplančić Herman (od 2026.)

Studentska sekcija HMD-a osnovana je 2026. s ciljem bolje koordinacije i povećanja vidljivosti angažmana članova pripravnika Hrvatskog muzikološkog društva.
Koordinatorica Studentske sekcije je Anna Lukanec (od 2026.)